Реорганизация центрального аппарата управления армии началась одновременно с созданием новой армии.
Старая система многих приказов, ведавших каждый отдельным видом вооруженных сил, с унификацией армии в рамках одной организации, естественно, сама собой отмирала. Новой армии должна была соответствовать и новая - более централизованная - система управления.
В 1700 г. Иноземный и Рейтарский приказы были слиты в приказ "Военных Дел", во главе которого стоял генерал-комиссар, ведавший делами вновь формируемой армии.
Однако продолжали еще функционировать Разрядный, Стрелецкий, Пушкарский и Поместный приказы.
Окончательная централизация военного управления была установлена только в 1719 г., с учреждением Военной коллегии, ведавшей всей сухопутной армией, и Адмиралтейств-коллегии, ведавшей делами военно-морского флота.
Еще задолго до введения коллегий, завершивших организационно военную реформу, было централизовано интендантское снабжение, во главе которого стоял генерал-провиантмейстер, и артиллерийское дело, во главе которого стоял генерал-фельдцейхмейстер. Однако введение этих общеармейских должностей оставалось неувязанным с еще раздробленным в нескольких приказах военным управлением.
С созданием новой армии было положено начало и основанию генерального штаба. Была учреждена генерал-квартирмейстерская служба армии; в каждом полку, бригаде, дивизии назначены офицеры, отправлявшие квартирмейстерскую службу. Все они возглавлялись генерал-квартирмейстером армии, обязанности которого были сформулированы так: "Чин генерал-квартирмейстера требует мудрого, разумного и искусного человека в географии и фортификации, понеже ему надлежит учреждать походы, лагери и по случаю фортификации ретраншемены и над оными надзирание иметь, а особливо при небольших войсках, в которых инженеры обыкновенно под его надзиранием и командою обретаются... особливо надлежит ему генерально оную землю знать, в которой свое и неприятельское войско обретается. Такожде, какие реки, проходы, дефилеи и горы, леса и болота находятся".
Он должен был "все походы и бывшие лагери записывать и чертежи оным рисовать".
В 1702 г. была централизована военно-судебная служба армии во главе с генерал-аудитором.
Была установлена должность генерал-гевальдигера, возглавлявшего военно-полицейскую службу в армии. Наконец, к главнокомандующему армии фельдмаршалу Шереметеву были назначены три генерал-адъютанта и генеральный писарь.
Таким образом, была завершена централизация военного управления и созданы предпосылки для его дальнейшего совершенствования.